home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Celestin Apprentice 4 / Apprentice-Release4.iso / Source Code / Libraries / DCLAP 4j / SeqPups / apps / clustalw.src / clustalw.h < prev    next >
Encoding:
C/C++ Source or Header  |  1995-12-17  |  3.0 KB  |  117 lines  |  [TEXT/R*ch]
  1. /*********************CLUSTALW.H*********************************************/
  2. /****************************************************************************/
  3.  
  4.    /*
  5.    Main header file for ClustalW.  Uncomment ONE of the following 4 lines
  6.    depending on which compiler you wish to use.
  7.    */
  8.  
  9. /*#define VMS 1                 VAX or ALPHA VMS */
  10.  
  11. /*#define BIGMAC 1     /*       Large problems,  Metrowerks OR Think_C for MacIntosh */
  12. #define MAC 1          /*        small problems, mac " */
  13.  
  14. /*#define MSDOS 1               Turbo C for PC's */
  15.  
  16. /*#define UNIX 1                 Ultrix/Decstation, Gnu C for 
  17.                                 Sun, IRIX/SGI, OSF1/ALPHA */
  18.  
  19. /***************************************************************************/
  20. /***************************************************************************/
  21.  
  22.  
  23. #include "general.h"
  24.  
  25. #define MAXNAMES        10    /* Max chars read for seq. names */
  26. #define MAXTITLES        60      /* Title length */
  27. #define FILENAMELEN     256             /* Max. file name length */
  28.     
  29. #define UNKNOWN   0
  30. #define EMBLSWISS 1
  31. #define PIR       2
  32. #define PEARSON   3
  33. #define GDE          4
  34. #define CLUSTAL   5    /* DES */
  35. #define MSF       6 /* DES */
  36. #define USER      7    /* DES */
  37.  
  38. #define PAGE_LEN       22   /* Number of lines of help sent to screen */
  39.  
  40. #ifdef VMS                        /* Defaults for VAX VMS */
  41. #define DIRDELIM ']'        /* Last character before file name in full file 
  42.                                specs */
  43. #define MAXLEN        10000    /* Max Sequence Length */
  44. #define MAXN        500        /* Max Number of Sequences */
  45. #define FSIZE       25000   /* Work space for pairwise alignments */
  46. #define MAXTREE        5000    /* Max Nodes for phylogenetic tree */
  47. #define LINELENGTH        60  /* Output line length */
  48. #define GCG_LINELENGTH     50  /* Output line length for GCG output */
  49.  
  50. #elif BIGMAC
  51. #define MAC    1
  52. #define DIRDELIM ':'
  53. #define MAXLEN        7000
  54. #define MAXN        500
  55. #define FSIZE       25000
  56. #define MAXTREE        5000
  57. #define LINELENGTH         60
  58. #define GCG_LINELENGTH     50
  59. #define MACINTOSH    1
  60.  
  61. #elif MAC
  62. #define DIRDELIM ':'
  63. #define MAXLEN        1000
  64. #define MAXN        30
  65. #define FSIZE       5000
  66. #define MAXTREE        1000
  67. #define LINELENGTH         50
  68. #define GCG_LINELENGTH     50
  69. #define MACINTOSH    1
  70.  
  71.  
  72. #elif MSDOS
  73. /* dgg added MSWIN -- don't need this ?? */
  74. #define MSWIN 1
  75. #define DIRDELIM '\\'
  76. #define MAXLEN        1000
  77. #define MAXN        20
  78. #define FSIZE           3000
  79. #define MAXTREE        1000
  80. #define LINELENGTH         50
  81. #define GCG_LINELENGTH     50
  82.  
  83. #elif UNIX
  84. #define DIRDELIM '/'
  85. #define MAXLEN        10000
  86. #define MAXN        500
  87. #define FSIZE           25000
  88. #define MAXTREE        5000
  89. #define LINELENGTH         60
  90. #define GCG_LINELENGTH     50
  91. #endif
  92.  
  93. #define NUMRES 26        /* max size of comparison matrix */
  94.  
  95. #define INPUT 0
  96. #define ALIGNED 1
  97.  
  98. #define LEFT 1
  99. #define RIGHT 2
  100.  
  101. #define NODE 0
  102. #define LEAF 1
  103.  
  104. #define GAPCOL 32        /* position of gap open penalty in profile */
  105. #define LENCOL 33        /* position of gap extension penalty in profile */
  106.  
  107. typedef struct node {        /* phylogenetic tree structure */
  108.         struct node *left;
  109.         struct node *right;
  110.         struct node *parent;
  111.         float dist;
  112.         int  leaf;
  113.         int order;
  114.         char name[64];
  115. } stree, *treeptr;
  116.  
  117.